R语言基于Bootstrap的线性回归预测置信区间估计方法

我们知道参数的置信区间的计算,这些都服从一定的分布(t分布、正态分布),因此在标准误前乘以相应的t分值或Z分值。

由Kaizong Ye,Liao Bao撰写

但如果我们找不到合适的分布时,就无法计算置信区间了吗?

幸运的是,有一种方法几乎可以用于计算各种参数的置信区间,这就是Bootstrap 法。Bootstrap法是一种强大的统计工具,用于估计一个统计量的抽样分布。其基本思想是通过从原始数据集中进行有放回的随机抽样来生成大量的自助样本,然后计算每个自助样本的统计量,从而得到该统计量的经验分布。这个经验分布可以用来估计统计量的置信区间。

Bootstrap法的步骤如下:

  1. 从原始数据集中进行有放回的随机抽样:假设原始数据集有N个观测值,那么从这N个观测值中进行有放回的随机抽样,生成一个新的自助样本,该样本也包含N个观测值。
  2. 计算自助样本的统计量:对于每一个自助样本,计算你感兴趣的统计量,比如均值、中位数、标准差等。
  3. 重复上述步骤:重复步骤1和步骤2很多次(比如1000次或更多),以生成大量的自助样本和对应的统计量。
  4. 估计置信区间:使用这些统计量的分布来估计你感兴趣的统计量的置信区间。比如,你可以取这些统计量的第2.5百分位数和第97.5百分位数作为95%的置信区间的下限和上限。

本文使用BOOTSTRAP来获得预测的置信区间。我们将在线性回归基础上讨论。

 > reg=lm(dist~speed,data=cars)
> points(x,predict(reg,newdata= data.frame(speed=x)))

这是一个单点预测。当我们想给预测一个置信区间时,预测的置信区间取决于参数估计误差。

预测置信区间

让我们从预测的置信区间开始

 > for(s in 1:500){
+ indice=sample(1:n,size=n,
+ replace=TRUE)
+ points(x,predict(reg,newdata=data.frame(speed=x)),pch=19,col="blue") 

蓝色值是通过在我们的观测数据库中重新取样获得的可能预测值。值得注意的是,在残差正态性假设下(回归线的斜率和常数估计值),置信区间(90%)如下所示:


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什么是Bootstrap自抽样及R语言Bootstrap线性回归预测置信区间

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predict(reg,interval ="confidence", 

在这里,我们可以比较500个生成数据集上的值分布,并将经验分位数与正态假设下的分位数进行比较,

> hist(Yx,proba=TRUE
> boxplot(Yx,horizontal=TRUE
> polygon(c( x ,rev(x I])))) 


R语言使用bootstrap和增量法计算广义线性模型(GLM)预测置信区间

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可以看出,经验分位数与正态假设下的分位数是可以比较的。

 > quantile(Yx,c(.05,.95))
      5%      95% 
58.63689 70.31281 
 + level=.9,newdata=data.frame(speed=x)) 
       fit      lwr      upr
1 65.00149 59.65934 70.34364

感兴趣变量的可能值

现在让我们看看另一种类型的置信区间,关于感兴趣变量的可能值。这一次,除了提取新样本和计算预测外,我们还将在每次绘制时添加噪声,以获得可能的值。


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> for(s in 1:500){
+ indice=sample(1:n,size=n,
+ base=cars[indice,]
+ erreur=residuals(reg)
+ predict(reg,newdata=data.frame(speed=x))+E 

在这里,我们可以(首先以图形方式)比较通过重新取样获得的值和在正态假设下获得的值,

> hist(Yx,proba=TRUE)
> boxplot(Yx) abline(v=U[2:3)
> polygon(c(D$x[I,rev(D$x[I]) 

数值上给出了以下比较

> quantile(Yx,c(.05,.95))
      5%      95% 
44.43468 96.01357 
U=predict(reg,interval ="prediction"
       fit      lwr      upr
1 67.63136 45.16967 90.09305

这一次,右侧有轻微的不对称。显然,我们不能假设高斯残差,因为有更大的正值,而不是负值。考虑到数据的性质,这是有意义的(制动距离不能是负数)。

然后开始讨论在供应中使用回归模型。为了获得具有独立性,有人认为必须使用增量付款的数据,而不是累计付款。

可以创建一个数据库,解释变量是行和列。

> base=data.frame(
+ y

> head(base,12)
      y   ai bj
1  3209 2000  0
2  3367 2001  0
3  3871 2002  0
4  4239 2003  0
5  4929 2004  0
6  5217 2005  0
7  1163 2000  1
8  1292 2001  1
9  1474 2002  1
10 1678 2003  1
11 1865 2004  1
12   NA 2005  1 

然后,我们可以从基于对数增量付款数据的回归模型开始,该模型基于对数正态模型

 Coefficients:
                  Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept)         7.9471     0.1101  72.188 6.35e-15 ***
as.factor(ai)2001   0.1604     0.1109   1.447  0.17849    
as.factor(ai)2002   0.2718     0.1208   2.250  0.04819 *  
as.factor(ai)2003   0.5904     0.1342   4.399  0.00134 ** 
as.factor(ai)2004   0.5535     0.1562   3.543  0.00533 ** 
as.factor(ai)2005   0.6126     0.2070   2.959  0.01431 *  
as.factor(bj)1     -0.9674     0.1109  -8.726 5.46e-06 ***
as.factor(bj)2     -4.2329     0.1208 -35.038 8.50e-12 ***
as.factor(bj)3     -5.0571     0.1342 -37.684 4.13e-12 ***
as.factor(bj)4     -5.9031     0.1562 -37.783 4.02e-12 ***
as.factor(bj)5     -4.9026     0.2070 -23.685 4.08e-10 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

Residual standard error: 0.1753 on 10 degrees of freedom
  (15 observations deleted due to missingness)
Multiple R-squared: 0.9975,    Adjusted R-squared: 0.9949 
F-statistic: 391.7 on 10 and 10 DF,  p-value: 1.338e-11 

> 
exp(predict(reg1,
+ newdata=base)+summary(reg1)$sigma^2/2)

       [,1]   [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,] 2871.2 1091.3 41.7 18.3  7.8 21.3
[2,] 3370.8 1281.2 48.9 21.5  9.2 25.0
[3,] 3768.0 1432.1 54.7 24.0 10.3 28.0
[4,] 5181.5 1969.4 75.2 33.0 14.2 38.5
[5,] 4994.1 1898.1 72.5 31.8 13.6 37.1
[6,] 5297.8 2013.6 76.9 33.7 14.5 39.3

> sum(py[is.na(y)])
[1] 2481.857

这与链式梯度法的结果略有不同,但仍然具有可比性。我们也可以尝试泊松回归(用对数链接)

glm(y~
+ as.factor(ai)+
+ as.factor(bj),data=base,
+ family=poisson)


Coefficients:
                  Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)    
(Intercept)        8.05697    0.01551 519.426  < 2e-16 ***
as.factor(ai)2001  0.06440    0.02090   3.081  0.00206 ** 
as.factor(ai)2002  0.20242    0.02025   9.995  < 2e-16 ***
as.factor(ai)2003  0.31175    0.01980  15.744  < 2e-16 ***
as.factor(ai)2004  0.44407    0.01933  22.971  < 2e-16 ***
as.factor(ai)2005  0.50271    0.02079  24.179  < 2e-16 ***
as.factor(bj)1    -0.96513    0.01359 -70.994  < 2e-16 ***
as.factor(bj)2    -4.14853    0.06613 -62.729  < 2e-16 ***
as.factor(bj)3    -5.10499    0.12632 -40.413  < 2e-16 ***
as.factor(bj)4    -5.94962    0.24279 -24.505  < 2e-16 ***
as.factor(bj)5    -5.01244    0.21877 -22.912  < 2e-16 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

(Dispersion parameter for poisson family taken to be 1)

    Null deviance: 46695.269  on 20  degrees of freedom
Residual deviance:    30.214  on 10  degrees of freedom
  (15 observations deleted due to missingness)
AIC: 209.52

Number of Fisher Scoring iterations: 4

> predict(reg2,
newdata=base,type="response")

> sum(py2[is.na(y)])
[1] 2426.985

预测结果与链式梯度法得到的估计值吻合。克劳斯·施密特(Klaus Schmidt)和安吉拉·温什(Angela Wünsche)于1998年在链式梯度法、边际和最大似然估计中建立了与最小偏差方法的联系。


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关于作者

Kaizong Ye拓端研究室(TRL)的研究员。Kaizong Ye拓端研究室(TRL)的研究员。在此对他对本文所作的贡献表示诚挚感谢,他在上海财经大学完成了统计学专业的硕士学位,专注人工智能领域。擅长Python.Matlab仿真、视觉处理、神经网络、数据分析。

本文借鉴了作者最近为《R语言数据分析挖掘必知必会 》课堂做的准备。

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