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作者

你需要找到包含该方法的正确包，并按照相应包的文档进行安装和使用。

例子

_目的_：通过将 BMI 建模为年龄函数，识别具有不同轨迹的参与者亚组。根据迄今为止可用的文献，我们假设初始 K=5 类 BMI 轨迹。

提供了一个示例（模拟）数据集 bmi 来描述整个步骤，  bmi_long 是长格式版本。

包含的变量有：

id – 个人 ID
年龄 – BMI 测量的年龄，以年为单位
bmi – 个人在 T1、T2、T3 和 T4 时间的体重指数，以 kg/m^2 为单位 true_class – 用于识别模拟个人 BMI 数据的类别的标签从

潜在类轨迹建模的八步示例

为了对纵向结果 yijk 进行建模，对于 k=1:K，类，对于个体 i，在时间点 j，tj可以使用许多建模选择。我们在这里给出方程来说明这些，并按照复杂度增加的顺序将它们命名为模型 A 到 G。

模型 D：随机斜率 允许个体在初始权重和平均轨迹的斜率上有所不同，但曲率与轨迹

对于 k=1:K，类，对于个体 i，在时间点 j , tj,

其中假设随机效应分布为

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模型 E：随机二次 – 跨类的共同方差结构 允许个体在类内通过初始权重、形状和大小变化的额外自由，但是假设每个类具有相同的变异量 R lcmm hlme/lcmm 对于 k=1： K, 类, 对于个体 i, 在时间点 j, tj,

其中假设随机效应分布为 

模型 F 和 G：随机二次 – 允许方差结构跨类变化的比例约束 增加模型 E 的灵活性，因为允许方差结构相差一个乘法因子，以允许某些类具有更大或更小的类内方差。该模型可以被认为是模型 G 的更简洁版本（将要估计的方差-协方差参数的数量从 6xK 参数减少到 6+（K-1）个参数。

如果残差轮廓可以近似为平坦、直线或曲线，则分别考虑随机截距、斜率或二次项。

为了拟合没有随机效应的潜在类模型。

hlmfixed(bmig)

第2步

优化步骤 1 中的初步工作模型以确定最佳类数，测试 K=1,…7。可以根据最低贝叶斯信息标准 (BIC) 来选择所选类别的数量。

set.seed(100)


for (i in 2:4) {
  mi <- lchlme( data.frame(bmg\[1:500,\])
  
}

modelut <-kable(lin)

第 3 步

使用步骤 2 中推导出的偏好 K 进一步细化模型，测试最优模型结构。我们测试了七个模型，从简单的固定效应模型（模型 A）到允许残差在类别之间变化的基本方法（模型 B）到一组具有不同方差结构的五个随机效应模型（模型 CG）。

• A（SAS、PROC TRAJ）

• B型（R，mmlcr）

调用 source() 命令。

mmldata = bmi_l01
#             )

# model_b$BIC

• C （SAS、PROC TRAJ）

• D 型（SAS、PROC TRAJ）

• E型 (R, lcmm)

model_e <- hlme(fixed = bmi ~1+ age + I(age^2),
           mixture = ~1 + age + I(age^2),
            random = ~1 + age,
            ng = 5, nwg = F, 
            idiag = FALSE, 
            data = data.frame(bmi_long\[1:200,\]),
           subject = "id")
#> Be patient, hlme is running ... 
#> The program took 0.77 seconds

model_e$BIC

• F型 (R, lcmm)

fixed = bmi ~1+ age + I(age^2),
           mixture = ~1 + age + I(age^2)

mod$BIC

• G （SAS、PROC TRAJ）

LCTMdel_f

第 5 步

图形表示方法；

2. 绘制包含每个类的时间平均轨迹
3. 每个类具有 95% 预测区间的平均轨迹图，显示每个类内预测的随机变化

plotpred <- predictY
plototp

2. 个人水平的“面条图”随时间变化，取决于样本量，可能使用参与者的随机样本

ggplot(bm, aes(x = age, y = bmi)) + geom_line

ggplot(bmong) + geom_line

第 6 步

评估模型辨别。

第 7 步

使用四种方法评估临床特征和合理性；

1. 评估轨迹模式的临床意义，旨在包括至少 1% 的人群的类别

postprb( modf )

2. 评估轨迹类别的临床合理性

使用 _6.2_中生成的图 来评估预测的趋势对于正在研究的组是否现实。例如，对于研究 BMI，显示下降到 <5 kg/m2 的预测趋势是不现实的。  

3. 潜在类别与传统分类的特征列表

使用从所选模型中提取类分配；

然后用描述性变量反馈到主数据集中。

然后可以根据需要将这些制成表格。

等等。

4. 使用 kappa 统计的类成员与传统 BMI 类别成员的一致性

# 定义BMI类别，这些类别的数量需要与类别的数量相等 
confusionMatrix(bmi_class, bmclass
kable(y, row.names = )

第 8 步

酌情进行敏感性分析。