R语言画ROC曲线总结

在本文中，我描述了如何在CRAN中搜索用于绘制ROC曲线的包，并重点介绍了六个有用的包。

由Kaizong Ye，Coin Ge撰写

我使用pkgsearch来搜索CRAN并查看其中的内容。该package_search()函数将文本字符串作为输入，并使用基本的文本挖掘技术来搜索所有CRAN。

可下载资源

经过一番尝试和错误之后，我确定了以下查询，其中包括许多与ROC相关的有趣软件包。

rocPkg <-  pkg_search(query="ROC",size=200)

分类模型(又称分类器，或诊断)将实例映射到特定类。ROC分析的是二元分类模型，也就是输出结果只有两种类别的模型，例如：(阳性/阴性) (有病/没病) (垃圾邮件/非垃圾邮件) (敌军/非敌军)。

当讯号侦测(或变量测量)的结果是连续值时，类与类的边界必须用阈值来界定。举例来说，用血压值来检测一个人是否有高血压，测出的血压值是连续的实数（从0~200都有可能），以收缩压140／舒张压90为阈值，阈值以上便诊断为有高血压，阈值未满者诊断为无高血压。二元分类模型的个案预测有四种结局：

真阳性(TP)：诊断为有，实际上也有高血压。
伪阳性（FP）：诊断为有，实际却没有高血压。
真阴性（TN）：诊断为没有，实际上也没有高血压。
伪阴性（FN）：诊断为没有，实际却有高血压。


rocPkgShort <- rocPkg %>% 
               filter(maintainer_name != "ORPHANED", score > 190) %>%
               select(score, package, downloads_last_month) %>%
               arrange(desc(downloads_last_month))
head(rocPkgShort)


## # A tibble: 6 x 3
##   score package  downloads_last_month
##   <dbl> <chr>                   <int>
## 1  690. ROCR                    56356
## 2 7938. pROC                    39584
## 3 1328. PRROC                    9058
## 4  833. sROC                     4236
## 5  266. hmeasure                 1946
## 6 1021. plotROC                  1672

下图使用了Guangchuang Yu的dlstats软件包，查看我选择分析的六个软件包的下载历史记录。

课程

R语言数据分析挖掘必知必会

从数据获取和清理开始，有目的的进行探索性分析与可视化。让数据从生涩的资料，摇身成为有温度的故事。

立即参加 ➜

下图使用了Guangchuang Yu的dlstats软件包，查看我选择分析的六个软件包的下载历史记录。

library(dlstats)
shortList <- c("pROC","precrec","ROCit", "PRROC","ROCR","plotROC")
downloads <- cran_stats(shortList)
ggplot(downloads, aes(end, downloads, group=package, color=package)) +
  geom_line() + geom_point(aes(shape=package)) +
  scale_y_continuous(trans = 'log2')

2005年

以下代码ROCR使用包随附的综合数据集设置并绘制默认的ROC曲线。在整个文章中，我将使用相同的数据集。


library(ROCR)
## Loading required package: gplots
## 
## Attaching package: 'gplots'
## The following object is masked from 'package:stats':
## 
##     lowess
 
# 为单个预测绘制ROC曲线，并对曲线进行着色。
 
 
data(ROCR.simple)
df <- data.frame(ROCR.simple)
pred <- prediction(df$predictions, df$labels)
perf <- performance(pred,"tpr","fpr")
plot(perf,colorize=TRUE)