R语言建立和可视化混合效应模型mixed effect model

我们已经学习了如何处理混合效应模型。本文的重点是如何建立和可视化混合效应模型的结果。

由Kaizong Ye,Sherry Deng撰写

本文使用数据集,用于探索草食动物种群对珊瑚覆盖的影响。


创建一个基本的混合效应模型:

该模型以珊瑚覆盖层为因变量(elkhorn_LAI),草食动物种群和深度为固定效应(c。 urchinden,c.fishmass,c.maxD)和调查地点作为随机效应(地点)。

注意:由于食草动物种群的测量规模存在差异,因此我们使用标准化的值,否则模型将无法收敛。我们还使用了因变量的对数。我正在根据这项特定研究对数据进行分组。

绘制效应大小图:

如果您有很多固定效应,这很有用。

效应大小的格式化图:

让我们更改轴标签和标题。

创建模型摘要输出表。这将提供预测变量,包括其估计值,置信区间,估计值的p值以及随机效应信息。

格式化表格


R语言 线性混合效应模型实战案例

阅读文章


用数据绘制模型估计

我们可以在实际数据上绘制模型估计值!我们一次只针对一个变量执行此操作。注意:数据已标准化以便在模型中使用,因此我们绘制的是标准化数据值,而不是原始数据

步骤1:将效应大小估算值保存到data.frame中


随时关注您喜欢的主题


步骤2:使用效应值df绘制估算值

如果要保存基本图(仅固定效应和因变量数据),可以将其分解为单独的步骤。注意:对于该图,我正在基于此特定研究对数据进行分组。


可下载资源

关于作者

Kaizong Ye拓端研究室(TRL)的研究员。

本文借鉴了作者最近为《R语言数据分析挖掘必知必会 》课堂做的准备。

​非常感谢您阅读本文,如需帮助请联系我们!

 
QQ在线咨询
售前咨询热线
15121130882
售后咨询热线
0571-63341498